rdkit package

Subpackages

• rdkit.Avalon package
  • Submodules
    • rdkit.Avalon.pyAvalonTools module
  • Module contents
• rdkit.Chem package
  • Subpackages
    • rdkit.Chem.AtomPairs package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.AtomPairs.Pairs module
        • rdkit.Chem.AtomPairs.Sheridan module
        • rdkit.Chem.AtomPairs.Torsions module
        • rdkit.Chem.AtomPairs.Utils module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.ChemUtils package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.ChemUtils.AlignDepict module
        • rdkit.Chem.ChemUtils.BulkTester module
        • rdkit.Chem.ChemUtils.DescriptorUtilities module
        • rdkit.Chem.ChemUtils.SDFToCSV module
        • rdkit.Chem.ChemUtils.TemplateExpand module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Draw package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Draw.IPythonConsole module
        • rdkit.Chem.Draw.MolDrawing module
        • rdkit.Chem.Draw.SimilarityMaps module
        • rdkit.Chem.Draw.rdMolDraw2D module
        • rdkit.Chem.Draw.aggCanvas module
        • rdkit.Chem.Draw.cairoCanvas module
        • rdkit.Chem.Draw.canvasbase module
        • rdkit.Chem.Draw.mplCanvas module
        • rdkit.Chem.Draw.qtCanvas module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.EState package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.EState.AtomTypes module
        • rdkit.Chem.EState.EState module
        • rdkit.Chem.EState.EState_VSA module
        • rdkit.Chem.EState.Fingerprinter module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.FeatMaps package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.FeatMaps.FeatMapParser module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.FeatMapPoint module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.FeatMapUtils module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.FeatMaps module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Features package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Features.FeatDirUtilsRD module
        • rdkit.Chem.Features.ShowFeats module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Fingerprints package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Fingerprints.ClusterMols module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.DbFpSupplier module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.FingerprintMols module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.MolSimilarity module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.SimilarityScreener module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Fraggle package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Fraggle.FraggleSim module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.MolDb package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.MolDb.FingerprintUtils module
        • rdkit.Chem.MolDb.Loader module
        • rdkit.Chem.MolDb.Loader_orig module
        • rdkit.Chem.MolDb.Loader_sa module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.MolKey package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.MolKey.InchiInfo module
        • rdkit.Chem.MolKey.MolKey module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Pharm2D package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Pharm2D.Generate module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.Gobbi_Pharm2D module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.LazyGenerator module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.Matcher module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.SigFactory module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.Utils module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Pharm3D package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Pharm3D.EmbedLib module
        • rdkit.Chem.Pharm3D.ExcludedVolume module
        • rdkit.Chem.Pharm3D.Pharmacophore module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Scaffolds package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Scaffolds.MurckoScaffold module
        • rdkit.Chem.Scaffolds.ScaffoldTree module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.SimpleEnum package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.SimpleEnum.Enumerator module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Subshape package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Subshape.BuilderUtils module
        • rdkit.Chem.Subshape.SubshapeAligner module
        • rdkit.Chem.Subshape.SubshapeBuilder module
        • rdkit.Chem.Subshape.SubshapeObjects module
        • rdkit.Chem.Subshape.testCombined module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Suppliers package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Suppliers.DbMolSupplier module
        • rdkit.Chem.Suppliers.MolSupplier module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.fmcs package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.fmcs.fmcs module
      • Module contents
  • Submodules
    • rdkit.Chem.AllChem module
    • rdkit.Chem.BRICS module
    • rdkit.Chem.BuildFragmentCatalog module
    • rdkit.Chem.ChemicalFeatures module
    • rdkit.Chem.ChemicalForceFields module
    • rdkit.Chem.Crippen module
    • rdkit.Chem.DSViewer module
    • rdkit.Chem.Descriptors module
    • rdkit.Chem.Descriptors3D module
    • rdkit.Chem.EnumerateHeterocycles module
    • rdkit.Chem.EnumerateStereoisomers module
    • rdkit.Chem.FastSDMolSupplier module
    • rdkit.Chem.FeatFinderCLI module
    • rdkit.Chem.FilterCatalog module
    • rdkit.Chem.FragmentCatalog module
    • rdkit.Chem.FragmentMatcher module
    • rdkit.Chem.Fragments module
    • rdkit.Chem.FunctionalGroups module
    • rdkit.Chem.GraphDescriptors module
    • rdkit.Chem.Graphs module
    • rdkit.Chem.Lipinski module
    • rdkit.Chem.MACCSkeys module
    • rdkit.Chem.MCS module
    • rdkit.Chem.MolCatalog module
    • rdkit.Chem.MolStandardize module
      • Submodules
        • rdkit.Chem.MolStandardize.rdMolStandardize module
    • rdkit.Chem.MolSurf module
    • rdkit.Chem.PandasTools module
    • rdkit.Chem.PeriodicTable module
    • rdkit.Chem.PropertyMol module
    • rdkit.Chem.PyMol module
    • rdkit.Chem.QED module
    • rdkit.Chem.Randomize module
    • rdkit.Chem.Recap module
    • rdkit.Chem.ReducedGraphs module
    • rdkit.Chem.SATIS module
    • rdkit.Chem.SaltRemover module
    • rdkit.Chem.ShowMols module
    • rdkit.Chem.TemplateAlign module
    • rdkit.Chem.TorsionFingerprints module
    • rdkit.Chem.inchi module
    • rdkit.Chem.rdchem module
    • rdkit.Chem.rdDistGeom module
    • rdkit.Chem.rdqueries module
    • rdkit.Chem.rdFMCS module
    • rdkit.Chem.rdMolAlign module
    • rdkit.Chem.rdMolHash module
    • rdkit.Chem.rdReducedGraphs module
    • rdkit.Chem.rdtrajectory module
    • rdkit.Chem.rdMolTransforms module
    • rdkit.Chem.rdmolfiles module
    • rdkit.Chem.rdPartialCharges module
    • rdkit.Chem.rdMolCatalog module
    • rdkit.Chem.rdCoordGen module
    • rdkit.Chem.rdMolChemicalFeatures module
    • rdkit.Chem.rdMMPA module
    • rdkit.Chem.rdRGroupDecomposition module
    • rdkit.Chem.rdForceFieldHelpers module
    • rdkit.Chem.rdDepictor module
    • rdkit.Chem.rdChemicalFeatures module
    • rdkit.Chem.rdmolops module
    • rdkit.Chem.rdFreeSASA module
    • rdkit.Chem.rdMolInterchange module
    • rdkit.Chem.rdShapeHelpers module
    • rdkit.Chem.rdinchi module
    • rdkit.Chem.rdChemReactions module
    • rdkit.Chem.rdSubstructLibrary module
    • rdkit.Chem.rdfiltercatalog module
    • rdkit.Chem.rdfragcatalog module
    • rdkit.Chem.rdStructChecker module
    • rdkit.Chem.rdMolDescriptors module
    • rdkit.Chem.rdFingerprintGenerator module
    • rdkit.Chem.rdSLNParse module
  • Module contents
• rdkit.DataManip package
  • Subpackages
    • rdkit.DataManip.Metric package
      • Submodules
        • rdkit.DataManip.Metric.rdMetricMatrixCalc module
      • Module contents
  • Module contents
• rdkit.DataStructs package
  • Submodules
    • rdkit.DataStructs.BitEnsemble module
    • rdkit.DataStructs.BitEnsembleDb module
    • rdkit.DataStructs.BitUtils module
    • rdkit.DataStructs.HierarchyVis module
    • rdkit.DataStructs.LazySignature module
    • rdkit.DataStructs.TopNContainer module
    • rdkit.DataStructs.VectCollection module
    • rdkit.DataStructs.cDataStructs module
  • Module contents
• rdkit.Dbase package
  • Submodules
    • rdkit.Dbase.DbConnection module
    • rdkit.Dbase.DbInfo module
    • rdkit.Dbase.DbModule module
    • rdkit.Dbase.DbReport module
    • rdkit.Dbase.DbResultSet module
    • rdkit.Dbase.DbUtils module
    • rdkit.Dbase.StorageUtils module
  • Module contents
• rdkit.DistanceGeometry package
  • Submodules
    • rdkit.DistanceGeometry.DistGeom module
  • Module contents
• rdkit.ForceField package
  • rdkit.ForceField.rdForceField module
  • Module contents
• rdkit.Geometry package
  • Submodules
    • rdkit.Geometry.rdGeometry module
  • Module contents
• rdkit.ML package
  • Subpackages
    • rdkit.ML.Cluster package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Cluster.Butina module
        • rdkit.ML.Cluster.ClusterUtils module
        • rdkit.ML.Cluster.ClusterVis module
        • rdkit.ML.Cluster.Clusters module
        • rdkit.ML.Cluster.Murtagh module
        • rdkit.ML.Cluster.Resemblance module
        • rdkit.ML.Cluster.Standardize module
        • rdkit.ML.Cluster.Clustering module
      • Module contents
    • rdkit.ML.Composite package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Composite.AdjustComposite module
        • rdkit.ML.Composite.BayesComposite module
        • rdkit.ML.Composite.Composite module
      • Module contents
    • rdkit.ML.Data package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Data.DataUtils module
        • rdkit.ML.Data.FindQuantBounds module
        • rdkit.ML.Data.MLData module
        • rdkit.ML.Data.Quantize module
        • rdkit.ML.Data.SplitData module
        • rdkit.ML.Data.Stats module
        • rdkit.ML.Data.Transforms module
      • Module contents
    • rdkit.ML.DecTree package
      • Submodules
        • rdkit.ML.DecTree.BuildQuantTree module
        • rdkit.ML.DecTree.BuildSigTree module
        • rdkit.ML.DecTree.CrossValidate module
        • rdkit.ML.DecTree.DecTree module
        • rdkit.ML.DecTree.Forest module
        • rdkit.ML.DecTree.ID3 module
        • rdkit.ML.DecTree.PruneTree module
        • rdkit.ML.DecTree.QuantTree module
        • rdkit.ML.DecTree.SigTree module
        • rdkit.ML.DecTree.Tree module
        • rdkit.ML.DecTree.TreeUtils module
        • rdkit.ML.DecTree.TreeVis module
        • rdkit.ML.DecTree.randomtest module
      • Module contents
    • rdkit.ML.Descriptors package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Descriptors.CompoundDescriptors module
        • rdkit.ML.Descriptors.Descriptors module
        • rdkit.ML.Descriptors.MoleculeDescriptors module
        • rdkit.ML.Descriptors.Parser module
      • Module contents
    • rdkit.ML.InfoTheory package
      • Submodules
        • rdkit.ML.InfoTheory.BitClusterer module
        • rdkit.ML.InfoTheory.BitRank module
        • rdkit.ML.InfoTheory.entropy module
        • rdkit.ML.InfoTheory.rdInfoTheory module
      • Module contents
    • rdkit.ML.KNN package
      • Submodules
        • rdkit.ML.KNN.CrossValidate module
        • rdkit.ML.KNN.DistFunctions module
        • rdkit.ML.KNN.KNNClassificationModel module
        • rdkit.ML.KNN.KNNModel module
        • rdkit.ML.KNN.KNNRegressionModel module
      • Module contents
    • rdkit.ML.MLUtils package
      • Submodules
        • rdkit.ML.MLUtils.VoteImg module
      • Module contents
    • rdkit.ML.ModelPackage package
      • Submodules
        • rdkit.ML.ModelPackage.PackageUtils module
        • rdkit.ML.ModelPackage.Packager module
      • Module contents
    • rdkit.ML.NaiveBayes package
      • Submodules
        • rdkit.ML.NaiveBayes.ClassificationModel module
        • rdkit.ML.NaiveBayes.CrossValidate module
      • Module contents
    • rdkit.ML.Neural package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Neural.ActFuncs module
        • rdkit.ML.Neural.CrossValidate module
        • rdkit.ML.Neural.NetNode module
        • rdkit.ML.Neural.Network module
        • rdkit.ML.Neural.Trainers module
      • Module contents
    • rdkit.ML.SLT package
      • Submodules
        • rdkit.ML.SLT.Risk module
      • Module contents
    • rdkit.ML.Scoring package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Scoring.Scoring module
      • Module contents
  • Submodules
    • rdkit.ML.AnalyzeComposite module
    • rdkit.ML.BuildComposite module
    • rdkit.ML.CompositeRun module
    • rdkit.ML.EnrichPlot module
    • rdkit.ML.GrowComposite module
    • rdkit.ML.MatOps module
    • rdkit.ML.ScreenComposite module
    • rdkit.ML.files module
  • Module contents
• rdkit.Numerics package
  • Submodules
    • rdkit.Numerics.rdAlignment module
  • Module contents
• rdkit.SimDivFilters package
  • Submodules
    • rdkit.SimDivFilters.SimilarityPickers module
    • rdkit.SimDivFilters.rdSimDivPickers module
  • Module contents
• rdkit.VLib package
  • Subpackages
    • rdkit.VLib.NodeLib package
      • Submodules
        • rdkit.VLib.NodeLib.DbMolSupply module
        • rdkit.VLib.NodeLib.DbPickleSupplier module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SDSupply module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SmartsMolFilter module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SmartsRemover module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SmilesDupeFilter module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SmilesOutput module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SmilesSupply module
        • rdkit.VLib.NodeLib.demo module
      • Module contents
  • Submodules
    • rdkit.VLib.Filter module
    • rdkit.VLib.Node module
    • rdkit.VLib.Output module
    • rdkit.VLib.Supply module
    • rdkit.VLib.Transform module
  • Module contents
• rdkit.utils package
  • Submodules
    • rdkit.utils.cactvs module
    • rdkit.utils.chemdraw module
    • rdkit.utils.chemdraw_qax module
    • rdkit.utils.chemutils module
    • rdkit.utils.comhack module
    • rdkit.utils.fileutils module
    • rdkit.utils.listutils module
    • rdkit.utils.spiral module
  • Module contents

Submodules

• rdkit.rdBase module
• rdkit.RDConfig module
• rdkit.RDLogger module
• rdkit.RDPaths module
• rdkit.RDRandom module
• rdkit.TestRunner module
• rdkit.six module

Module contents